MOLinsight

Ferramenta de conversão Babel

Para converter um ficheiro chamado input_ficheiro em outro ficheiro output_ficheiro, digite o comando

babel ixxxxx input_ficheiro -oyyyyy output_ficheiro

onde deverá substituir xxxxx e yyyyy pelas sequências correspondentes aos formatos de química dos ficheiros de input e output, respectivamente. Alguns exemplos de formatos são:

mol - Molfile MDL

smi - SMILES

inchi – InChI

Por exemplo, para converter o ficheiro propan1ol.mol no formato MDL Molfile em SMILES, deverá usar o comando

babel -imol propan1ol.mol -osmi propan1ol.smi

Uma lista completa de formatos possíveis encontra-se no site da OpenBabel.

Dependendo da sua instalação de Babel poderá ser necessário incluir o caminho completo para o programa babel (e.g. C:\Programas\OpenBabel-2.2.3\babel). Não se esqueça que se não estiver na directoria do input_ficheiro e output_ficheiro, deverá também incluir o caminho completo que conduzem a estes ficheiros.

Outras opções úteis do babel são a adição ou remoção dos átomos de hidrogénio. Para adicionar átomos de hidrogénio à estrutura de output, adicione "-h"  no final do comando. Por outro lado, para remover átomos de hidrogénio, utilize “:-d”.

Por exemplo, para converter o ficheiro propan1ol.mol no ficheiro propan1olH.mol, ambos no formato MDL Molfile, mas o último com os átomos de H, use o comando

babel -imol propan1ol.mol -omol propan1olH.mol -h

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última actualização: 27.03.2011