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Molconverter no pacote Marvin Beans do ChemAxon

 

Para converter um ficheiro chamado input_ficheiro em outro ficheiro output_ficheiro, digite o comando

molconvert xxxxx input_ficheiro –o output_ficheiro

onde deverá substituir xxxxx pelas sequência correspondente ao formato químico desejado para o ficheiro de output (o formato do ficheiro de input é automaticamente percepcionado). Alguns exemplos de formatos são:

mol – MDL Molfile

smiles – SMILES

inchi – InChI

name – nome IUPAC

 

Por exemplo, para converter o ficheiro propan1ol.mol no formato MDL Molfile em SMILES, deverá usar o comando

molconvert smiles propan1ol.mol -o propan1ol.smi

Uma lista completa de formatos possíveis encontra-se no site da ChemAxon.

Dependendo da sua instalação de Marvin Beans poderá ser necessário incluir o caminho completo para o programa molconvert (e.g. C:\Programas\ChemAxon\MarvinBeans\bin\molconvert). Não se esqueça que se não estiver na directoria do input_ficheiro e output_ficheiro, deverá também incluir o caminho completo que conduzem a estes ficheiros.

Outras opções úteis do molconvert são a adição ou remoção dos átomos de hidrogénio. Para adicionar átomos de hidrogénio à estrutura de output, adicione “:H” após a especificação do formato de ficheiro. Por outro lado, para remover átomos de hidrogénio, utilize “:-H”.

Por exemplo, para converter o ficheiro propan1ol.mol no ficheiro propan1olH.mol, ambos no formato MDL Molfile, mas o último com os átomos de H, use o comando

molconvert mol:H propan1ol.mol -o propan1olH.mol

 

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última actualização: 27.03.2011