MOLinsight

 

Molinsight logo

Ferramenta Obchiral

 

O programa obchiral é uma ferramenta que fornece informações de quiralidade para todas as moléculas de um dado ficheiro.

O formato de output inclui:

Número da molécula

Numeração e símbolo atómico do átomo quiral

Lista ordenada da numeração dos quatro substituintes ligados ao átomo quiral [Atom4refs]

Volume quiral [Volume]

Lista ordenada de prioridade inicial arbitrária [Atom refs]

0 ou 1 [Clockwise?]

$ $ $

O "$$$" é o separador entre várias entradas moleculares do ficheiro.

 

O valor de "clockwise" (0/1) corresponde à paridade estereoquímica disponível no bloco dos átomos do ficheiro SDF. Para especificar a paridade, os átomos que rodeiam o centro estéreo são numerados com 1, 2, 3 e 4, por ordem crescente de número de atómico (posição no bloco dos átomos) (o átomo de hidrogénio deverá ser considerado o átomo com maior numeração, neste caso atribui-se o número 4). O centro quiral é observado a partir de uma posição tal que átomo de maior numeração (4) fica para trás do plano definido pelos átomos 1, 2 e 3. Se o arranjo resultante destes três átomos por ordem crescente de numeração está no sentido dos ponteiros do relógio, a paridade é ‘1’. No caso contrário é ‘0’.

 

Comando obchiral:

Obchiral nome.mol

 

Se quiser guardar os resultados obchiral num ficheiro resultados.txt, pode digitar o comando:

 obchiral nome.mol > resultado.txt

 

 

página inicial

 

 

 

 

 

Webmaster: Vasco Bonifácio

última actualização: 27.03.2011