|
MOLinsight
|
 |
|
NavMol 1.0 |
|
|
O programa NavMol funciona na interface da linha de comando do MS-DOS ou na shell do Linux. Se não está habituado a utilizar a linha de comandos do MS-DOS, os seguintes conselhos podem simplificar a utilização do NavMol.
Em primeiro lugar, o utilizador deve ir para a directoria onde se encontra o programa NavMol e o ficheiro (MDL.mol) que pretente ler. Por exemplo, se colocamos o navmol4h.exe e o ficheiro A_1.mol na directoria C:/exemplo1, e quiser abrir a estrutura molecular presente no ficheiro A_1.mol com o NavMol, deverá seguir os seguintes passos:
Abrir a janela MS-DOS e ir para a directoria exemplo1, digitando “C:\” e pressione a tecla [Enter]; “cd c:\exemplo1” e pressione a tecla [Enter];
Neste momento, o utilizador pode começar a navegar na estrutura do ficheiro A._1.mol.
Navegando nas moléculas: 1. Iniciar o programa e carregar o ficheiro MDL .mol com o comando navmol nomeficheiro 2. Vai começar no átomo com numeração 1. 3. Para obter informação sobre a vizinhança (até ao máximo de seis vizinhos) digitar q, w, e, r, t, ou y. O NavMol fornece, desta forma, o símbolo atómico, a numeração, a carga e a ordem de ligação. J, avisa o utilizador que este foi o último átomo a ser visitado. X, avisa o utilizador que este átomo já foi visitado. 4. Para saltar para um novo átomo o utilizador tem apenas que digitar a numeração desse átomo. 5. Para obter informação sobre o átomo presente, digitar a. 6. Para limpar a memoria sobre os últimos átomos visitados, digitar 0. 7. Para finalizar, digitar x.
Edição de moléculas: 1. Adicionar um novo átomo ligado ao átomo presente, digitando + A B C Onde A é a ordem da ligação (1, 2, ou 3), B é o símbolo atómico do novo átomo e C é a carga do novo átomo. 2. Adicionar uma ligação entre dois átomos já existentes (útil para a ciclização de anéis), digitando b A B C Onde A e C são a numeração dos átomos que queremos ligar, e B é a ordem da ligação. 3. Adicionar um anel benzénico ao átomo presente, digitando z. 4. Eliminar o átomo com maior numeração, digitando '.' (as ligações em que este a átomo está envolvido serão de igual forma eliminadas). 5. Eliminar a ligação entre dois átomos, digitando - A B onde A e B são os dois átomos da ligação. 6. Alterar a carga de um átomo, digitando c A B onde A é a numeração do átomo e B é a nova carga. 7. Guardar a estrutura molecular num ficheiro MDL .mol, digitando s nomeficheiro
As recentes estruturas químicas editadas que foram construídos e guardadas com o NavMol em formato electrónico podem ser visualizados por normovisuais, usando um comum visualizador molecular com uma interface gráfica. Contudo previamente deverá gerar um desenho (as coordenadas 2D) através do molconvert:
"molconvert -2:2 mol aspirin.mol aspirin_2D.mol-o"
Mais detalhes sobre a utilização de molconverter estão disponíveis Molconvert_notas.
NOTA: Na versão actual, para construir moléculas, é necessário começar com um ficheiro já existente. Pode-se sempre começar com um ficheiro com apenas uma ligação entre dois átomos.
|
|
|
|
Webmaster: última actualização: 27.03.2011
|