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NavMol 1.0

 

O programa NavMol funciona na interface da linha de comando do MS-DOS ou na shell do Linux. Se não está habituado a utilizar a linha de comandos do MS-DOS, os seguintes conselhos podem simplificar a utilização do NavMol.

 

Em primeiro lugar, o utilizador deve ir para a directoria onde se encontra o programa NavMol e o ficheiro (MDL.mol) que pretente ler. Por exemplo, se colocamos o navmol4h.exe e o ficheiro A_1.mol na directoria C:/exemplo1, e quiser abrir a estrutura molecular presente no ficheiro A_1.mol com o NavMol, deverá seguir os seguintes passos:

 

Abrir a janela MS-DOS e ir para a directoria exemplo1, digitando

 “C:\” e pressione a tecla [Enter];

 “cd c:\exemplo1” e pressione a tecla [Enter];

 

Neste momento, o utilizador pode começar a navegar na estrutura do ficheiro A._1.mol.

 

 

Navegando nas moléculas:

1. Iniciar o programa e carregar o ficheiro MDL .mol com o comando

navmol nomeficheiro

2. Vai começar no átomo com numeração 1.

3. Para obter informação sobre a vizinhança (até ao máximo de seis vizinhos) digitar q, w, e, r, t, ou y. O NavMol fornece, desta forma, o símbolo atómico, a numeração, a carga e a ordem de ligação. J, avisa o utilizador que este foi o último átomo a ser visitado. X, avisa o utilizador que este átomo já foi visitado.

4. Para saltar para um novo átomo o utilizador tem apenas que digitar a numeração desse átomo.

5. Para obter informação sobre o átomo presente, digitar a.

6. Para limpar a memoria sobre os últimos átomos visitados, digitar 0.

7. Para finalizar, digitar x.

  

Edição de moléculas:

1. Adicionar um novo átomo ligado ao átomo presente, digitando

            + A B C

Onde A é a ordem da ligação (1, 2, ou 3), B é o símbolo atómico do novo átomo e C é a carga do novo átomo.

2. Adicionar uma ligação entre dois átomos já existentes (útil para a ciclização de anéis), digitando

            b A B C

Onde A e C são a numeração dos átomos que queremos ligar, e B é a ordem da ligação.

3. Adicionar um anel benzénico ao átomo presente, digitando z.

4. Eliminar o átomo com maior numeração, digitando '.' (as ligações em que este a átomo está envolvido serão de igual forma eliminadas).

5. Eliminar a ligação entre dois átomos, digitando

- A B

onde A e B são os dois átomos da ligação.

6. Alterar a carga de um átomo, digitando

c A B

onde A é a numeração do átomo e B é a nova carga.

7. Guardar a estrutura molecular num ficheiro MDL .mol, digitando

s nomeficheiro

 

As recentes estruturas químicas editadas que foram construídos e guardadas com o NavMol em formato electrónico podem ser visualizados por  normovisuais, usando um comum visualizador molecular com uma interface gráfica. Contudo previamente deverá gerar um desenho (as coordenadas 2D) através do molconvert:

 

"molconvert -2:2 mol aspirin.mol aspirin_2D.mol-o"

 

Mais detalhes sobre a utilização de molconverter estão disponíveis Molconvert_notas.

 

NOTA: Na versão actual, para construir moléculas, é necessário começar com um ficheiro já existente. Pode-se sempre começar com um ficheiro com apenas uma ligação entre dois átomos.

 

 

 

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Webmaster: Vasco Bonifácio

última actualização: 27.03.2011